De voorgeschiedenis van de Bijzondere Strafgevangenis begint in 1499. Er werd een Blockhuis aan de zuidzijde van Leeuwarden gebouwd om de bewoners van Leeuwarden en omstreken een veilige haven te bieden tegen de constante twistende Schieringers (armen) en  Vetkopers (rijken). Vanaf het moment dat het "Blockhuys" in 1579 onder eigen beheer kwam was het terrein constant aan veranderingen onderhevig. 

Deze plek moest kracht uit blijven stralen om zo de veiligheid te waarborgen voor de bevolking tegen oproerkraaiers en landlopers; er werd ook een gedeelte van het terrein in gebruik genomen als toevluchtsoord voor de minder bedeelde bevolkingsgroep. 

Voor de vagebonden en raddraaiers die het terrein onveilig maakten werd rechts van het terrein een cellencomplex bijgebouwd. Het werd in gebruik genomen als Huis van Opsluiting en Tuchtiging. 

Na een dubbele ontsnapping in 1862, waaronder gedetineerde Seip glasplaat GN0763 aan deel nam, werd het toenmalige Huis van Opsluiting en Tuchtiging niet meer als veilig beschouwd en moest plaatsmaken voor een degelijk gevangeniscomplex. Een delegatie van het Leeuwarder bestuur vertrok naar de gevangenis van Pennsylvania. Hier werden gedetineerden in isolement gehouden door elk een eigen cel toe te wijzen. Dit systeem werd met open armen ontvangen. 

In deze Bijzondere Strafgevangenis werden zwaar veroordeelde mannelijke gevangenen geplaatst die minstens vijf jaar tot levenslang afgestraft waren. De eerste vijf jaar werd dus op cel doorgebracht waarna ze in gemeenschap hun tijd verder uit moesten zitten.  

De eerste vijf jaar was zwaar voor de gevangenen zowel in Leeuwarden als elders in het land. Hun identiteit werd afgenomen en ook de geneugten als lezen, roken en contact met familie werd niet of nauwelijks toegestaan. De criminele besmetting moest tegengegaan worden en deze" afbraak" was de beste manier om tot dat resultaat te komen.

Twee keer per dag werd er gelucht in luchtkooien en op de zondag naar de kerkzaal.

Tijdens deze wandelingen buiten de cel moest de identiteit afgeschermd worden door een celkap te te dragen en in stilte de weg volgen. 

Na de periode van isoleren werd de laatste periode van de straf in gemeenschap doorgebracht in het alkovengebouw deze bevond zich tegenover het cellencomplex.

Op de begane grond was er ruimte voor de werkzalen daar werd een groot deel van de dag doorgebracht.

In de avonduren en gedurende de nacht verbleven gevangenen in een stalen kooi; de alkoof.

Hierin was een hangmat bevestigd met een plank voor het beddengoed en een po. 

Op de bovenverdiepingen van de Bijzondere Strafgevangenis stonden ruim 450 slaapkooien naast elkaar.